SAS でCData ODBC Driver for FHIR を使用

こんにちは！ドライバー周りのヘルプドキュメントを担当している古川です。

SAS は、高度なアナリティクス、多変量解析、BI、データ管理、予測分析のためのソフトウェアです。SAS とCData ODBC Driver for FHIR を合わせて使うことで、SAS からリアルタイムFHIR のデータへデータベースライクにアクセスできるようになり、レポーティング、分析能力を向上できます。本記事では、SAS でFHIR のライブラリを作成し、リアルタイムFHIR に基づいたシンプルなレポートを作成します。

CData ODBC ドライバーは、ドライバーに組み込まれた最適化されたデータ処理により、SAS でリアルタイムFHIR のデータを送受信する場合に圧倒的なパフォーマンスを提供します。SAS からFHIR に複雑なSQL クエリを発行すると、ドライバーはフィルタや集計などのサポートされているSQL 操作をFHIR に直接プッシュし、組み込みSQL エンジンを利用して、サポートされていない操作（一般的にはSQL 関数とJOIN 操作）をクライアント側で処理します。組み込みの動的メタデータクエリを使用すると、SAS でFHIR を簡単にビジュアライズおよび分析できます。

CData ODBC ドライバとは？

CData ODBC ドライバは、以下のような特徴を持ったリアルタイムデータ連携ソリューションです。

1. FHIR をはじめとする、CRM、MA、会計ツールなど多様なカテゴリの270種類以上のSaaS / オンプレミスデータソースに対応
2. 多様なアプリケーション、ツールにFHIR のデータを連携
3. ノーコードでの手軽な接続設定
4. 標準 SQL での柔軟なデータ読み込み・書き込み

CData ODBC ドライバでは、1.データソースとしてFHIR の接続を設定、2.SAS 側でODBC Driver との接続を設定、という2つのステップだけでデータソースに接続できます。以下に具体的な設定手順を説明します。

CData ODBC ドライバのインストールとFHIR への接続設定

まずは、本記事右側のサイドバーからFHIR ODBC Driver の無償トライアルをダウンロード・インストールしてください。30日間無償で、製品版の全機能が使用できます。

以下は、FHIR に接続するための情報と、Windows およびLinux 環境でDSN を構成するためのステップです。

URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

Service Base URL のサンプル

• 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
• Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
• AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
• Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

汎用FHIR インスタンス

CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

DSN を構成する際に、Max Rows プロパティを定めることも可能です。これによって返される行数を制限するため、ビジュアライゼーション・レポートのデザイン時のパフォーマンスを向上させるのに役立ちます。

Windows

未指定の場合は、初めにODBC DSN（data source name）で接続プロパティを指定します。ドライバーのインストールの最後にアドミニストレーターが開きます。Microsoft ODBC Data Source Administrator を使用して、ODBC DSN を作成および構成できます。

Linux

Linux 環境にCData ODBC Driver for FHIR をインストールする場合、ドライバーのインストールによりシステムDSN が事前定義されます。システムデータソースファイル(/etc/odbc.ini) を編集し、必要な接続プロパティを定義することで、DSN を変更できます。

/etc/odbc.ini

これらの構成ファイルの使用に関する具体的な情報については、ヘルプドキュメントを参照してください。

SAS でFHIR ライブラリを作成

CData ODBC Driver for FHIR に基づくライブラリを追加することで、SAS でFHIR に接続します。

1. SAS を開き、［Explorer］ペインで［Libraries］を展開します。
2. ［Active Libraries］ウィンドウで右クリックし、［New］を選択します。
3. ライブラリに名前を付け（odbclib）、Engine としてODBC を選択し、ライブラリをセッション間で保持する場合は［Enable at startup］をクリックします。
4. Data Source を以前構成したDSN に設定し、［OK］をクリックします。

FHIR クエリからビューを作成

SAS は、ローコードのポイントアンドクリッククエリツールを使用するか、PROC SQL とカスタムSQL クエリのプログラムを使うことで、データのクエリをネイティブにサポートします。SAS でビューを作成すると、ビューがクエリされるたびに定義クエリが実行されます。これは、レポート、チャート、分析について常にリアルタイムFHIR のデータにクエリを実行することを意味します。

クエリツールの使用

1. SAS で［Tools］->［Query］と進みます。
2. データをプルするテーブルソースとテーブルを選択し、［OK］をクリックします。
3. カラムを選択し、右クリックしてフィルタリング、順序付け、グループ化などを追加します。
4. ［SQL Query Tool］ウィンドウを右クリックして［Show Query］を選択し、［Create View］をクリックして、クエリの結果を含むローカルビューを作成します。ビューに名前を付け、［OK］ をクリックします。

PROC SQL の使用

1. SAS で、［Editor］ウィンドウに移動します。
2. PROC SQL を使用してデータをクエリし、ローカルビューを作成します。
   Note：このステップにより、［Work］ライブラリにビューが作成されます。オプションとして、create view ステートメントでライブラリを指定できます。

   proc sql;
     create view patient_view as
     select
       id,
       [name-use]
     from
       odbclib.patient
     where
       [address-city] = 'New York';
   quit;
   

3. ［Run］->［Submit］とクリックしてクエリを実行し、ローカルビューを作成します。

SAS のFHIR のデータに関するレポートまたはビジュアライズ

ローカルビューを作成すると、パワフルなSAS 機能を使用してFHIR のデータをレポート、ビジュアライズ、またはその他の方法で分析できます。PROC PRINT を使用して簡単なレポートを印刷し、PROC GCHART を使用してデータに基づいた基本的なグラフを作成しましょう。

HTML を印刷

1. SAS で、［Editor］ウィンドウに移動します。
2. PROC PRINT を使用してFHIR Patient データのHTML レポートを印刷します。

   proc print data=patient;
     title "FHIR Patient Data";
   run;
   

   

チャートを印刷

1. SAS で、［Editor］ウィンドウに移動します。
2. PROC GCHART を使用してPatient データのチャートを作成します。

   proc gchart data=patient;
     pie id / sumvar=[name-use]
         value=arrow
         percent=arrow
         noheading
         percent=inside plabel=(height=12pt)
         slice=inside value=none
         name='PatientChart';
   run;
   

   

FHIR からSAS へのデータ連携には、ぜひCData ODBC ドライバをご利用ください

このようにCData ODBC ドライバと併用することで、270を超えるSaaS、NoSQL データをコーディングなしで扱うことができます。30日の無償評価版が利用できますので、ぜひ自社で使っているクラウドサービスやNoSQL と合わせて活用してみてください。

CData ODBC ドライバは日本のユーザー向けに、UI の日本語化、ドキュメントの日本語化、日本語でのテクニカルサポートを提供しています。