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FHIR JDBC ドライバーを使用したOBIEE でのFHIR レポート
FHIR JDBC ドライバーをOBIEE にデプロイし、企業全体にリアルタイムのレポートを提供します。
最終更新日：2022-05-27
この記事で実現できるFHIR 連携のシナリオ
こんにちは！ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。
CData JDBC Driver for FHIR は、FHIR へのリアルタイムアクセスをJava ベースのレポートサーバーに統合できる標準のデータベースドライバーです。この記事では、ドライバーをOracle Business Intelligence Enterprise Edition (OBIEE) にデプロイし、変更を反映するFHIR に関する方法を示します。
JDBC ドライバーをデプロイ
以下のステップに従って、WebLogic のクラスパスにJDBC ドライバーを追加します。
WebLogic 12.2.1 の場合、ドライバーJAR と.lic ファイルをORACLE_HOME\user_projects\domains\MY_DOMAIN\lib のようにDOMAIN_HOME\lib に配置します。これらのファイルは、起動時にサーバーのクラスパスに追加されます。
ドライバーをクラスパスに手動で追加することもできます。これは、以前のバージョンで必要です。setDomainEnv.cmd (Windows) または setDomainEnv.sh (Unix) のPRE_CLASSPATH の前に以下を追加します。このスクリプトは、そのドメインのフォルダーのbin サブフォルダーにあります。例：ORACLE_HOME\user_projects\domains\MY_DOMAIN\bin.
set PRE_CLASSPATH=your-installation-directory\lib\cdata.jdbc.fhir.jar;%PRE_CLASSPATH%
DOMAIN_HOME\bitools\bin でstop コマンドとstart コマンドを実行するなど、すべてのサーバーを再起動します。
JDBC Data Source for FHIR の作成
JDBC ドライバーをデプロイした後、BI Publisher からJDBC データソースを作成できます。
- BI Publisher にURL http://localhost:9502/analytics でログインし、［Administration］->［Manage BI Publisher］とクリックします。
- ［JDBC Connection］->［Add Data Source］と進みます。
- 以下の情報を入力します。
- Data Source Name:ユーザーが接続を作成する名前をレポートに入力します。
- Driver Type:SELECTOther.
- Database DriverClass:ドライバークラスに cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver を入力します。
- Connection String:JDBC URL を入力します。
URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。
汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。
Service Base URL のサンプル
- 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
- Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
- AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
- Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/
汎用FHIR インスタンス
CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
ビルトイン接続文字列デザイナ
JDBC URL の構成については、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナを使用してください。JAR ファイルのダブルクリック、またはコマンドラインからJAR ファイルを実行します。
java -jar cdata.jdbc.fhir.jar接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。
JDBC URL を構成する際に、Max Rows プロパティを定めることも可能です。これによって戻される行数を制限するため、可視化・レポートのデザイン設計時のパフォーマンスを向上させるのに役立ちます。
以下は一般的なJDBC URL です。
jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None; - Username:ユーザー名。
- Password:パスワード。
- ［Security］セクションで、許可されているユーザーロールを選択します。
リアルタイムのFHIR レポートを作成
リアルタイムのFHIR に基づいてレポートと分析を作成できるようになります。以下のステップに従って、標準のレポートウィザードを使用してFHIR への変更を反映するインタラクティブなレポートを作成します。
- グローバルヘッダーで、［New］->［Data Model］をクリックします。
- Diagram タブでメニューからSQL クエリを選択します。
- クエリの名前を入力し、［Data Source］メニューで、作成したFHIR JDBC データを選択します。
- 標準のSQL を選択し、以下のようなクエリを入力します。
SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [address-city] = 'New York'
- ［View Data］をクリックし、レポートの作成に使用するサンプルデータを生成します。
- サンプルデータに含める行数を選択し、［View］をクリックして［Save As Sample Data］をクリックします。
- ［Create Report］->［Use Data Model］とクリックします。
- ［Guide Me］を選択し、［Select Layout］ページで含めるレポートオブジェクトを選択します。この例では、［Chart］と［Table］を選択します。
- [name-use] のような数値列をy 軸の［Drop Value Here］ボックスにドロップします。Id のようなディメンション列をx 軸の［Drop Label Here］ボックスにドロップします。
- ［Refresh］をクリックしてFHIR への変更を取得します。
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