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DbVisualizer でFHIR のデータに連携しクエリを作成
DbVisualizer のビジュアルデータ分析ツールやデータ接続ウィザードにFHIR のデータを連携する方法を紹介します。
最終更新日：2024-03-08
この記事で実現できるFHIR 連携のシナリオ
こんにちは！ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。
CData JDBC Driver for FHIR は、JDBC 標準に準拠し、BI ツールからIDE まで幅広いアプリケーションでFHIR のデータへの接続を提供します。この記事では、DbVisualizer からFHIR のデータに接続する方法、およびtable エディタを使ってFHIR をロード、する方法を説明します。
CData JDBC ドライバとは？
CData JDBC ドライバは、以下の特徴を持ったリアルタイムデータ接続ツールです。
- FHIR をはじめとする、CRM、MA、グループウェア、広告、会計ツールなど多様な270種類以上のSaaS / DB に対応
- DBeaver を含む多様なアプリケーション、ツールにFHIR のデータを連携
- ノーコードでの手軽な接続設定
- 標準 SQL での柔軟なデータ読み込み・書き込み
CData JDBC ドライバでは、1.データソースとしてFHIR の接続を設定、2.DBeaver 側でJDBC Driver との接続を設定、という2つのステップだけでデータソースに接続できます。以下に具体的な設定手順を説明します。
FHIR のデータの新しいドライバー定義を作成
下記の手順に従い、Driver Manager を使ってDbVisualizer ツールからFHIR のデータに接続します。
- DbVisualizer で「Tools」->「Driver Manager」をクリックします。
- 「」ボタンをクリックして新しくドライバーを作成します。
- テンプレートは「Custom」を選択します。
- Driver Settings タブで：
- Name をわかりやすい名前に設定します（例：CData FHIR Driver）。
- URL Format をjdbc:fhir: に設定します。
- Driver artifacts and jar files (jars are loaded in order from top) セクションで：
- 「」ボタンをクリックして、「Add Files」に進みます。
- インストールディレクトリ（C:\Program Files\CData\CData JDBC Driver for FHIR XXXX\）の「lib」フォルダに移動します。
- JAR ファイル（cdata.jdbc.FHIR.jar）を選択して「Open」をクリックします。
- Driver Class は自動的に入力されます。もし入力されない場合は、クラス（cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver）を選択してください。
JDBC データソースへの接続を定義
「Driver Manager」を終了し、下記の手順に従ってJDBC URL に接続プロパティを入力します。
- 「Databases」タブで「」ボタンをクリックし、先ほど作成したドライバーを選択します。
「Connection」セクションで以下のオプションを設定します。
- Database Type：ウィザードオプションを選択した場合は、データベースの種類は自動検出されます。「No Wizard」オプションを選択した場合は、「Database Type」メニューから「Generic」または「Auto Detect」オプションを選択します。
- Driver Type：先ほど作成したドライバーを選択します。
Database URL：完全なJDBC URL を入力します。JDBC URL 構文は、jdbc:fhir: に続けてセミコロン区切りでname-value ペアの接続プロパティを入力します。
URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。
汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。
Service Base URL のサンプル
- 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
- Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
- AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
- Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/
汎用FHIR インスタンス
CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
組み込みの接続文字列デザイナー
JDBC URL の作成の補助として、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナーが使用できます。JAR ファイルをダブルクリックするか、コマンドラインからjar ファイルを実行します。
java -jar cdata.jdbc.fhir.jar接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。
JDBC URL を構成する際に、Max Rows 接続プロパティを設定することもできます。この設定は返される行数を制限するため、レポートやビジュアライゼーションを作成する際のパフォーマンスが向上します。
一般的な接続文字列は次のとおりです。
jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;- NOTE：FHIR は認証にUser やPassword を必要としないため、Database Userid とDatabase Password には任意の値を使用できます。
- 「Connection」タブで「Connect」をクリックします。
FHIR JDBC Driver が表示するテーブルをブラウズするには、テーブルを右クリックして「Open In New Tab」をクリックします。
SQL クエリの実行には、SQL Commander ツールを使用します。「SQL Commander」->「New SQL Commander」をクリックします。利用可能なメニューから「Database Connection」、「Database」、「Schema」を選択します。
サポートされるSQL についての詳細は、ヘルプドキュメントの「サポートされるSQL」をご覧ください。テーブルに関する情報は「データモデル」をご覧ください。
おわりに
CData JDBC Driver for FHIR の 30日間無償トライアル をダウンロードして、DbVisualizer でリアルタイムFHIR のデータの操作をはじめましょう！ご不明な点があれば、サポートチームにお問い合わせください。関連コンテンツ
