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JRuby からFHIR にデータ連携
リアルタイムFHIR に連携するシンプルなJRuby アプリケーションを作成します。
最終更新日：2022-10-23
この記事で実現できるFHIR 連携のシナリオ
こんにちは！ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。
JRuby はRuby プログラミング言語の高性能で安定した、完全にスレッド化されたJava 実装です。CData JDBC Driver for FHIR を使用すると、JRuby からリアルタイムFHIR へのデータ連携を簡単に実装できます。ここでは、FHIR に接続し、クエリを実行して結果を表示する簡単なJRuby アプリを作成する方法を説明します。
FHIR のデータにJDBC で接続
アプリを作成する前に、JDBC Driver のJAR ファイルのインストール場所をメモします。 (通常はC:\Program Files\CDatat\CData JDBC Driver for FHIR\libにあります。)
JRuby は、JDBC をネイティブにサポートしているため、簡単にFHIR に接続してSQL クエリを実行できます。java.sql.DriverManager クラスのgetConnection 関数を使用してJDBC 接続を初期化します。
URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。
汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。
Service Base URL のサンプル
- 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
- Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
- AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
- Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/
汎用FHIR インスタンス
CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
ビルトイン接続文字列デザイナー
JDBC URL の構成については、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナーを使用してください。JAR ファイルのダブルクリック、またはコマンドラインからJAR ファイルを実行します。
java -jar cdata.jdbc.fhir.jar
接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。
以下はFHIR の一般的なJDBC 接続文字列です。
jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;
FHIR のデータへの接続性を持つJRuby アプリを作成
新しいRuby ファイル(例: FHIRSelect.rb) を作成してテキストエディタで開き、次のコードをファイルにコピーします。
require 'java'
require 'rubygems'
require 'C:/Program Files/CData/CData JDBC Driver for FHIR 2018/lib/cdata.jdbc.fhir.jar'
url = "jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;"
conn = java.sql.DriverManager.getConnection(url)
stmt = conn.createStatement
rs = stmt.executeQuery("SELECT Id, [name-use] FROM Patient")
while (rs.next) do
puts rs.getString(1) + ' ' + rs.getString(2)
end
ファイルが完成したら、コマンドラインからファイルを実行するだけでJRuby でFHIR を表示できるようになります。
jruby -S FHIRSelect.rb
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