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RapidMiner からFHIR のデータに連携
FHIR をRapidMiner Studio の標準コンポーネント及びデータソース構成ウィザードと統合します。
最終更新日：2022-10-29
この記事で実現できるFHIR 連携のシナリオ
こんにちは！ドライバー周りのヘルプドキュメントを担当している古川です。
この記事では、CData JDBC Driver for FHIR をRapidMiner のプロセスと簡単に統合する方法を示します。この記事では、CData JDBC Driver for FHIR を使用してFHIR をRapidMiner のプロセスに転送します。
RapidMiner のFHIR にJDBC Data Source として接続する
以下のステップに従ってFHIR へのJDBC 接続を確認できます。
- FHIR 用の新しいデータベースドライバーを追加します。［Connections］->［Manage Database Drivers］とクリックします。
- 表示されるウィザードで［Add］ボタンをクリックし、接続に名前を入力します。
- JDBC URL のプレフィックスを入力します。
jdbc:fhir: - インストールディレクトリのlib サブフォルダにあるcdata.jdbc.fhir.jar ファイルにパスを入力して下さい。
- ドライバークラスを入力します。
cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver
- 新しいFHIR 接続を作成します。［Connections］->［Manage Database Connections］とクリックします。
- 接続の名前を入力します。
- データベースシステムの場合は、以前構成したFHIR ドライバーを選択します。
- Host ボックスで接続文字列を入力します。
URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。
汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。
Service Base URL のサンプル
- 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
- Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
- AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
- Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/
汎用FHIR インスタンス
CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
ビルトイン接続文字列デザイナ
JDBC URL の構成については、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナを使用してください。JAR ファイルのダブルクリック、またはコマンドラインからJAR ファイルを実行します。
java -jar cdata.jdbc.fhir.jar接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。
以下は一般的な接続文字列です。
URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None; - 必要であればユーザー名とパスワードを入力します。
プロセス内の様々なRapidMiner オペレーターとのFHIR 接続を使用できます。FHIR を取得するには、［Operators］ビューから［Retrieve］をドラッグします。
［Retrieve］オペレータを選択した状態で、［repository entry］の横にあるフォルダアイコンをクリックして［Parameters］ビューで取得するテーブルを定義できます。表示されるRepository ブラウザで接続ノードを展開し、目的のサンプルセットを選択できます。
最後に、［Retrieve］プロセスから結果に出力をワイヤリングし、プロセスを実行してFHIR を確認します。
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