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FHIR のデータをR で分析：JDBC での接続
CData JDBC Driver で標準的なR 関数とお好みの開発環境を使ってFHIR を分析。
最終更新日：2023-09-21
この記事で実現できるFHIR 連携のシナリオ
こんにちは！ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。
CData JDBC Driver for FHIR とRJDBC package を使って、R でリモートFHIR データ を利用できます。CData Driver を使うことで、業界が認めた基準で書かれたドライバーを活用して、オープンソースでポピュラーなR 言語のデータにアクセスできます。この記事では、ドライバーを使ってFHIR にSQL クエリを実行する方法、および標準R 関数を呼び出してFHIR をビジュアライズする方法について説明します。
R をインストール
マルチスレッドのMicrosoft R Open を実行すること、またはBLAS/LAPACK ライブラリにリンクされたオープン R を実行することによって、マルチスレッドおよびマネージドコードから利益を得られたドライバーのパフォーマンスにマッチできます。ここでは、Microsoft R Open 3.2.3 を使用します。CRAN レポジトリのJan. 1, 2016 snapshot からパッケージをインストールするために事前設定されています。このsnapshot は再現性を保証します。
RJDBC パッケージをロード
ドライバーを使うにはRJDBC パッケージをダウンロードします。RJDBC パッケージをインストールしたら、次のコードを入力してパッケージをロードします。
library(RJDBC)
JDBC データソースとしてFHIR に接続
下記の情報を使いFHIR にJDBC データソースとして接続します。
- Driver Class：cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver に設定。
- Classpath：Driver JAR の場所を設定します。デフォルトではインストールディレクトリの［lib］サブフォルダです。
dbConnect やdbSendQuery のようなDBI 関数は、R にデータアクセスコードを書くための統一インターフェースを提供します。
driver <- JDBC(driverClass = "cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver", classPath = "MyInstallationDir\lib\cdata.jdbc.fhir.jar", identifier.quote = "'")
これで、DBI 関数を使ってFHIR に接続しSQL クエリを実行する準備が整いました。dbConnect 関数を使ってJDBC 接続を初期化します。一般的なJDBC 接続文字列は次のとおりです。
conn <- dbConnect(driver,"URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;")
URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。
汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。
Service Base URL のサンプル
- 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
- Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
- AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
- Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/
汎用FHIR インスタンス
CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
スキーマ Discovery
ドライバーはFHIR API をリレーショナルデータベース、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデルします。次のコードを使ってテーブルリストを検出します。
dbListTables(conn)
SQL クエリの実行
dbGetQuery 関数を使ってFHIR API がサポートするすべてのSQL クエリを実行できます：
patient <- dbGetQuery(conn,"SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [address-city] = 'New York'")
次のコマンドを使って、結果を［data viewer］ウィンドウで見ることができます。
View(patient)
FHIR データ をプロット
CRAN レポジトリで利用可能なあらゆるデータ初期化パッケージを使ってFHIR を分析する準備が整いました。ビルトインバーのplot 関数を使って簡単なバーを作成できます。
par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2)) barplot(patient$[name-use], main="FHIR Patient", names.arg = patient$Id, horiz=TRUE)
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