Oracle Data Integrator でFHIR のデータをETL する方法

こんにちは！ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。

Oracle Data Integrator（ODI）はOracle エコシステムのハイパフォーマンスなデータ統合プラットフォームです。CData JDBC Driver for FHIR を使えば、OCI をはじめとするETL ツールからFHIR のデータにJDBC 経由で簡単に接続を実現できます。リアルタイムFHIR のデータをデータウェアハウス、BI・帳票ツール、CRM、基幹システムなどに統合すれば、データ活用もぐっと楽に。

CData のコネクタを使えば、FHIR API にリアルタイムで直接接続して、ODI 上で通常のデータベースと同じようにFHIR のデータを操作できます。FHIR エンティティのデータモデルを構築、マッピングを作成し、データの読み込み方法を選択するだけの簡単なステップでFHIR のデータのETL が実現できます。

ドライバーのインストール

ドライバーをインストールするには、インストールフォルダにあるドライバーのJAR ファイルと.lic ファイルをODI の適切なディレクトリにコピーします。

• UNIX/Linux（Agent なし）：~/.odi/oracledi/userlib
• UNIX/Linux（Agent）：$ODI_HOME/odi/agent/lib
• Windows（Agent なし）：%APPDATA%\Roaming\odi\oracledi\userlib
• Windows（Agent）：%APPDATA%\Roaming\odi\agent\lib

ODI を再起動してインストールを完了します。

モデルのリバースエンジニアリング

ODI の機能を使ってモデルをリバースエンジニアリングすることで、ドライバー側で取得したFHIR のデータのリレーショナルビューに関するメタデータが取得できます。リバースエンジニアリング後、リアルタイムFHIR のデータにクエリを実行してFHIR テーブルのマッピングを作成できます。

1. ODI でリポジトリに接続し、「New」->「Model and Topology Objects」をクリックします。
2. 表示されるダイアログの「Model」画面で、以下の情報を入力します。
   • Name：FHIR と入力します。
   • Technology：Technology:Generic SQL（ODI がVersion 12.2+ の場合はMicrosoft SQL Server）を選択します。
   • Logical Schema：FHIR と入力します。
   • Context：Global を選択します。
   
3. 表示されるダイアログの「Data Server」画面で、以下の情報を入力します。
   • Name：FHIR と入力します。
   • Driver List：Oracle JDBC Driver を選択します。
   • Driver：cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver と入力します。
   • URL：接続文字列を含むJDBC URL を入力します。

     URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

     汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

     Service Base URL のサンプル

     • 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
     • Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
     • AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
     • Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

     汎用FHIR インスタンス

     CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

     組み込みの接続文字列デザイナー

     JDBC URL の作成の補助として、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナーが使用できます。JAR ファイルをダブルクリックするか、コマンドラインからjar ファイルを実行します。

     java -jar cdata.jdbc.fhir.jar

     接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。

     

     一般的な接続文字列は次のとおりです。

     jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;
   
4. Physical Schema 画面で、以下の情報を入力します。
   • Name：ドロップダウンメニューから選択します。
   • Database (Catalog)：CData と入力します。
   • Owner (Schema)：FHIR にSchema を選択した場合は、選択したSchema を入力し、それ以外の場合はFHIR と入力します。
   • Database (Work Catalog)：CData と入力します。
   • Owner (Work Schema)：FHIR にSchema を選択した場合は、選択したSchema を入力し、それ以外の場合はFHIR と入力します。
   
5. 開いたモデルで「Reverse Engineer」をクリックしてFHIR テーブルのメタデータを取得します。

FHIR のデータの編集と保存

リバースエンジニアリング後、ODI でFHIR のデータを操作できるようになります。 FHIR のデータを表示するには、Designer ナビゲーターでモデルアコーディオンを展開し、テーブルを右クリックして「View data」をクリックします。

ETL プロジェクトの作成

次の手順に従って、FHIR からETL を作成します。Patient エンティティをODI Getting Started VM に含まれているサンプルデータウェアハウスにロードします。

1. SQL Developer を開き、Oracle データベースに接続します。Connections ぺインでデータベースのノードを右クリックし、「New SQL Worksheet」をクリックします。

   もしくは、SQLPlus を使用することもできます。コマンドプロンプトから、以下のように入力します。

   sqlplus / as sysdba
2. 以下のクエリを入力し、ODI_DEMO スキーマにあるサンプルデータウェアハウスに新しいターゲットテーブルを作成します。以下のクエリは、FHIR のPatient テーブルに一致するいくつかのカラムを定義します。 CREATE TABLE ODI_DEMO.TRG_PATIENT ([NAME-USE] NUMBER(20,0),Id VARCHAR2(255));
3. ODI でDesigner ナビゲーターのModels アコーディオンを展開し、ODI_DEMO フォルダの「Sales Administration」ノードをダブルクリックします。Model Editor でモデルが開きます。
4. 「Reverse Engineer」をクリックします。TRG_PATIENT テーブルがモデルに追加されます。
5. プロジェクトの「Mappings」ノードを右クリックし、「New Mapping」をクリックします。マッピングの名前を入力し、「Create Empty Dataset」オプションを無効にします。Mapping Editor が表示されます。
6. TRG_PATIENT テーブルをSales Administration モデルからマッピングにドラッグします。
7. Patient テーブルをFHIR モデルからマッピングにドラッグします。
8. ソースコネクタポイントをクリックしてターゲットコネクタポイントにドラッグします。Attribute Matching ダイアログが表示されます。ここでは、デフォルトオプションを使用します。その場合、目的の動作はターゲットカラムのプロパティに表示されます。
9. Mapping Editor のPhysical タブを開き、TARGET_GROUP の「PATIENT_AP」をクリックします。
10. PATIENT_AP プロパティで、Loading Knowledge Module タブの「LKM SQL to SQL (Built-In)」を選択します。

これで、マッピングを実行してFHIR のデータをOracle にロードできます。