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FHIR のデータをR で分析：ODBC での接続
データビジュアライゼーション、ハイパフォーマンスな統計関数を使ってFHIR をMicrosoft R Open で分析。
最終更新日：2022-04-05
こんにちは！ドライバー周りのヘルプドキュメントを担当している古川です。
R スクリプトおよび 標準SQL を使ってFHIR にアクセス。CData ODBC Driver for FHIR とRODBC package を使って、R でリモートFHIR を利用できます。CData Driver を使うことで、オープンソースでポピュラーなR 言語のデータにアクセスできます。この記事では、ドライバーを使ってFHIR にSQL クエリを実行する方法、およびR でFHIR をビジュアライズする方法について説明します。
CData ODBC ドライバとは？
CData ODBC ドライバは、以下のような特徴を持ったリアルタイムデータ連携ソリューションです。
- FHIR をはじめとする、CRM、MA、会計ツールなど多様なカテゴリの270種類以上のSaaS / オンプレミスデータソースに対応
- 多様なアプリケーション、ツールにFHIR のデータを連携
- ノーコードでの手軽な接続設定
- 標準 SQL での柔軟なデータ読み込み・書き込み
CData ODBC ドライバでは、1.データソースとしてFHIR の接続を設定、2.R 側でODBC Driver との接続を設定、という2つのステップだけでデータソースに接続できます。以下に具体的な設定手順を説明します。
CData ODBC ドライバのインストールとFHIR への接続設定
まずは、本記事右側のサイドバーからFHIR ODBC Driver の無償トライアルをダウンロード・インストールしてください。30日間無償で、製品版の全機能が使用できます。
接続プロパティの指定がまだの場合は、まずODBC DSN （データソース名）で接続設定を行います。これはドライバーのインストール時に自動的に立ち上がります。Microsoft ODBC データソースアドミニストレーターを使ってODBC DSN を作成および設定できます。
URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。
汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。
Service Base URL のサンプル
- 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
- Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
- AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
- Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/
汎用FHIR インスタンス
CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
RODBC パッケージをロード
ドライバーを使うにはRODBC パッケージをダウンロードします。RStudio で［Tools］>［Install Packages］をクリックし、RODBC を［Packages］ボックスに入力します。
RODBC パッケージをインストールしたら、次のコードを入力してパッケージをロードします。
library(RODBC)
ODBC データソースとしてFHIR のデータに連携
次のコードを使ってR のDSN に接続できます：
conn <- odbcConnect("CData FHIR Source")
スキーマ検出
ドライバーはFHIR API をリレーショナルデータベース、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデル化します。次のコードを使ってテーブルリストを検出します。
sqlTables(conn)
SQL クエリの実行
sqlQuery 関数を使ってFHIR API がサポートするすべてのSQL クエリを実行します。
patient <- sqlQuery(conn, "SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [address-city] = 'New York'", believeNRows=FALSE, rows_at_time=1)
次のコマンドを使って、結果を［data viewer］ウィンドウで見ることができます。
View(patient)
FHIR のデータをプロット
これで、CRAN レポジトリで利用可能なあらゆるデータビジュアライゼーションパッケージを使ってFHIR を分析できます。ビルトインのbar plot 関数を使って簡単なバーを作成できます：
par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2))
barplot(patient$[name-use], main="FHIR Patient", names.arg = patient$Id, horiz=TRUE)
FHIR からR へのデータ連携には、ぜひCData ODBC ドライバをご利用ください
このようにCData ODBC ドライバと併用することで、270を超えるSaaS、NoSQL データをコーディングなしで扱うことができます。30日の無償評価版が利用できますので、ぜひ自社で使っているクラウドサービスやNoSQL と合わせて活用してみてください。
CData ODBC ドライバは日本のユーザー向けに、UI の日本語化、ドキュメントの日本語化、日本語でのテクニカルサポートを提供しています。
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