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SFTP のデータをR で分析：JDBC での接続
CData JDBC Driver で標準的なR 関数とお好みの開発環境を使ってSFTP を分析。
最終更新日：2023-09-21
この記事で実現できるSFTP 連携のシナリオ
こんにちは！ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。
CData JDBC Driver for SFTP とRJDBC package を使って、R でリモートSFTP データ を利用できます。CData Driver を使うことで、業界が認めた基準で書かれたドライバーを活用して、オープンソースでポピュラーなR 言語のデータにアクセスできます。この記事では、ドライバーを使ってSFTP にSQL クエリを実行する方法、および標準R 関数を呼び出してSFTP をビジュアライズする方法について説明します。
R をインストール
マルチスレッドのMicrosoft R Open を実行すること、またはBLAS/LAPACK ライブラリにリンクされたオープン R を実行することによって、マルチスレッドおよびマネージドコードから利益を得られたドライバーのパフォーマンスにマッチできます。ここでは、Microsoft R Open 3.2.3 を使用します。CRAN レポジトリのJan. 1, 2016 snapshot からパッケージをインストールするために事前設定されています。このsnapshot は再現性を保証します。
RJDBC パッケージをロード
ドライバーを使うにはRJDBC パッケージをダウンロードします。RJDBC パッケージをインストールしたら、次のコードを入力してパッケージをロードします。
library(RJDBC)
JDBC データソースとしてSFTP に接続
下記の情報を使いSFTP にJDBC データソースとして接続します。
- Driver Class：cdata.jdbc.sftp.SFTPDriver に設定。
- Classpath：Driver JAR の場所を設定します。デフォルトではインストールディレクトリの［lib］サブフォルダです。
dbConnect やdbSendQuery のようなDBI 関数は、R にデータアクセスコードを書くための統一インターフェースを提供します。
driver <- JDBC(driverClass = "cdata.jdbc.sftp.SFTPDriver", classPath = "MyInstallationDir\lib\cdata.jdbc.sftp.jar", identifier.quote = "'")
これで、DBI 関数を使ってSFTP に接続しSQL クエリを実行する準備が整いました。dbConnect 関数を使ってJDBC 接続を初期化します。一般的なJDBC 接続文字列は次のとおりです。
conn <- dbConnect(driver,"RemoteHost=MyFTPServer;")
FTP は、SFTP プロトコルを使用してSFTP サーバーとの間のファイル転送を行います。接続するにはRemoteHost を指定します。FTP はUser、Password、および公開鍵認証（SSHClientCert）を使用します。 SSHAuthMode を選択し、選択に基づいて接続値を指定します。
次の接続プロパティを設定し、ファイルシステムのリレーショナルビューをコントロールします。
- RemotePath: 現在の作業ディレクトリに設定。
- TableDepth: ビューとしてレポートするサブフォルダの深度を制御するために設定。
- FileRetrievalDepth: ファイルを再帰的に取得し、Root テーブルにリストするために設定。
スキーマ Discovery
ドライバーはSFTP API をリレーショナルデータベース、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデルします。次のコードを使ってテーブルリストを検出します。
dbListTables(conn)
SQL クエリの実行
dbGetQuery 関数を使ってSFTP API がサポートするすべてのSQL クエリを実行できます：
mydirectory <- dbGetQuery(conn,"SELECT Filesize, Filename FROM MyDirectory WHERE FilePath = /documents/doc.txt")
次のコマンドを使って、結果を［data viewer］ウィンドウで見ることができます。
View(mydirectory)
SFTP データ をプロット
CRAN レポジトリで利用可能なあらゆるデータ初期化パッケージを使ってSFTP を分析する準備が整いました。ビルトインバーのplot 関数を使って簡単なバーを作成できます。
par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2)) barplot(mydirectory$Filename, main="SFTP MyDirectory", names.arg = mydirectory$Filesize, horiz=TRUE)
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