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XML のデータをR で分析：JDBC での接続
CData JDBC Driver で標準的なR 関数とお好みの開発環境を使ってXML を分析。
最終更新日：2023-09-21
この記事で実現できるXML 連携のシナリオ
こんにちは！ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。
CData JDBC Driver for XML とRJDBC package を使って、R でリモートXML データ を利用できます。CData Driver を使うことで、業界が認めた基準で書かれたドライバーを活用して、オープンソースでポピュラーなR 言語のデータにアクセスできます。この記事では、ドライバーを使ってXML にSQL クエリを実行する方法、および標準R 関数を呼び出してXML をビジュアライズする方法について説明します。
R をインストール
マルチスレッドのMicrosoft R Open を実行すること、またはBLAS/LAPACK ライブラリにリンクされたオープン R を実行することによって、マルチスレッドおよびマネージドコードから利益を得られたドライバーのパフォーマンスにマッチできます。ここでは、Microsoft R Open 3.2.3 を使用します。CRAN レポジトリのJan. 1, 2016 snapshot からパッケージをインストールするために事前設定されています。このsnapshot は再現性を保証します。
RJDBC パッケージをロード
ドライバーを使うにはRJDBC パッケージをダウンロードします。RJDBC パッケージをインストールしたら、次のコードを入力してパッケージをロードします。
library(RJDBC)
JDBC データソースとしてXML に接続
下記の情報を使いXML にJDBC データソースとして接続します。
- Driver Class：cdata.jdbc.xml.XMLDriver に設定。
- Classpath：Driver JAR の場所を設定します。デフォルトではインストールディレクトリの［lib］サブフォルダです。
dbConnect やdbSendQuery のようなDBI 関数は、R にデータアクセスコードを書くための統一インターフェースを提供します。
driver <- JDBC(driverClass = "cdata.jdbc.xml.XMLDriver", classPath = "MyInstallationDir\lib\cdata.jdbc.xml.jar", identifier.quote = "'")
これで、DBI 関数を使ってXML に接続しSQL クエリを実行する準備が整いました。dbConnect 関数を使ってJDBC 接続を初期化します。一般的なJDBC 接続文字列は次のとおりです。
conn <- dbConnect(driver,"URI=C:/people.xml;DataModel=Relational;")
データソースを認証するには、データプロバイダーのドキュメント内の「はじめに」セクションをご覧ください。 データプロバイダーはXML API を双方向データベーステーブルとしてモデル化し、XML ファイルをread-only ビュー（ローカルファイル、人気のクラウドサービスに格納されたファイル、およびFTP サーバー）としてモデル化します。 HTTP Basic、Digest、NTLM、OAuth、およびFTP を含む主な認証スキームはサポートされています。認証のガイドについては、データプロバイダーのドキュメント内の「はじめに」セクションをご覧ください。
URI と認証値を設定した後で、DataModel を設定することでデータの構造によりよくマッチするようデータの抽象化を調整できます。
DataModel プロパティはデータがどのようにテーブルとして抽象化されるかを制御するプロパティであり、次の基本的な設定を調整します。
- Document（デフォルト）：XML データのトップレベルのドキュメントビューをモデル化します。データプロバイダーは入れ子化した要素をデータの集約値として返します。
- FlattenedDocuments：入れ子化したドキュメントとその親を結合して単一のテーブルに入力します。
- Relational：個別の関連テーブルを階層化されたデータから返します。テーブルは主キーと、親ドキュメントにリンクする外部キーを含みます。
リレーショナルな抽象化の設定についての詳細は、「XML データのモデリング」セクションを参照してください。次の例で使用されているサンプルデータも存在します。 このデータには、人名、その人たちが所有する車、車に施されたさまざまなメンテナンスに関する情報が含まれます。
スキーマ Discovery
ドライバーはXML API をリレーショナルデータベース、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデルします。次のコードを使ってテーブルリストを検出します。
dbListTables(conn)
SQL クエリの実行
dbGetQuery 関数を使ってXML API がサポートするすべてのSQL クエリを実行できます：
people <- dbGetQuery(conn,"SELECT [people].[personal.age] AS age, [people].[personal.gender] AS gender,
[people].[personal.name.first] AS first_name, [people].[personal.name.last] AS last_name, [vehicles].[model], FROM
[people] JOIN [vehicles] ON [people].[_id] = [vehicles].[people_id]")
次のコマンドを使って、結果を［data viewer］ウィンドウで見ることができます。
View(people)
XML データ をプロット
CRAN レポジトリで利用可能なあらゆるデータ初期化パッケージを使ってXML を分析する準備が整いました。ビルトインバーのplot 関数を使って簡単なバーを作成できます。
par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2)) barplot(people$[ personal.name.last ], main="XML people", names.arg = people$[ personal.name.first ], horiz=TRUE)
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