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MySQL のデータをR で分析：JDBC での接続
CData JDBC Driver で標準的なR 関数とお好みの開発環境を使ってMySQL を分析。
最終更新日：2023-09-21
この記事で実現できるMySQL 連携のシナリオ
こんにちは！ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。
CData JDBC Driver for MySQL とRJDBC package を使って、R でリモートMySQL データ を利用できます。CData Driver を使うことで、業界が認めた基準で書かれたドライバーを活用して、オープンソースでポピュラーなR 言語のデータにアクセスできます。この記事では、ドライバーを使ってMySQL にSQL クエリを実行する方法、および標準R 関数を呼び出してMySQL をビジュアライズする方法について説明します。
R をインストール
マルチスレッドのMicrosoft R Open を実行すること、またはBLAS/LAPACK ライブラリにリンクされたオープン R を実行することによって、マルチスレッドおよびマネージドコードから利益を得られたドライバーのパフォーマンスにマッチできます。ここでは、Microsoft R Open 3.2.3 を使用します。CRAN レポジトリのJan. 1, 2016 snapshot からパッケージをインストールするために事前設定されています。このsnapshot は再現性を保証します。
RJDBC パッケージをロード
ドライバーを使うにはRJDBC パッケージをダウンロードします。RJDBC パッケージをインストールしたら、次のコードを入力してパッケージをロードします。
library(RJDBC)
JDBC データソースとしてMySQL に接続
下記の情報を使いMySQL にJDBC データソースとして接続します。
- Driver Class：cdata.jdbc.mysql.MySQLDriver に設定。
- Classpath：Driver JAR の場所を設定します。デフォルトではインストールディレクトリの［lib］サブフォルダです。
dbConnect やdbSendQuery のようなDBI 関数は、R にデータアクセスコードを書くための統一インターフェースを提供します。
driver <- JDBC(driverClass = "cdata.jdbc.mysql.MySQLDriver", classPath = "MyInstallationDir\lib\cdata.jdbc.mysql.jar", identifier.quote = "'")
これで、DBI 関数を使ってMySQL に接続しSQL クエリを実行する準備が整いました。dbConnect 関数を使ってJDBC 接続を初期化します。一般的なJDBC 接続文字列は次のとおりです。
conn <- dbConnect(driver,"User=myUser;Password=myPassword;Database=NorthWind;Server=myServer;Port=3306;")
Server およびPort プロパティがMySQL への接続には必須です。IntegratedSecurity をFALSE に設定した場合、User、Password も必須になります。 オプションで、Database を設定することもできます。Database は設定がない場合すべてのデータベースを使えるようになります。
パスワード方式によるSSH 接続
パスワード方式によるSSH接続時に必要なプロパティ一覧を以下に示します。
- User: MySQL のユーザ
- Password: MySQL のパスワード
- Database: MySQL の接続先データベース
- Server: MySQL のサーバー
- Port: MySQL のポート
- UserSSH: "true"
- SSHAuthMode: "Password"
- SSHPort: SSH のポート
- SSHServer: SSH サーバー
- SSHUser: SSH ユーザー
- SSHPassword: SSH パスワード
接続文字列形式では以下のようになります。
User=admin;Password=adminpassword;Database=test;Server=mysql-server;Port=3306;UseSSH=true;SSHAuthMode=Password;SSHPort=22;SSHServer=ssh-server;SSHUser=root;SSHPassword=sshpasswd;
公開鍵認証方式方式によるSSH 接続
公開鍵認証によるSSH接続時に必要なプロパティ一覧を以下に示します。
- User: MySQL のユーザ
- Password: MySQL のパスワード
- Database: MySQL の接続先データベース
- Server: MySQL のサーバー
- Port: MySQL のポート
- UserSSH: "true"
- SSHAuthMode: "Public_Key"
- SSHClientCertType: キーストアの種類
- SSHPort: SSH のポート
- SSHServer: SSH サーバー
- SSHUser: SSH ユーザー
- SSHClientCert: 秘密鍵ファイルのパス
接続文字列形式では以下のようになります。
User=admin;Password=adminpassword;Database=test;Server=mysql-server;Port=3306;UseSSH=true;SSHAuthMode=Public_Key;SSHClientCertType=PUBLIC_KEY_FILE;SSHPort=22;SSHServer=ssh-server;SSHUser=root;SSHClientCert=C:\Keys\key.pem;
スキーマ Discovery
ドライバーはMySQL API をリレーショナルデータベース、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデルします。次のコードを使ってテーブルリストを検出します。
dbListTables(conn)
SQL クエリの実行
dbGetQuery 関数を使ってMySQL API がサポートするすべてのSQL クエリを実行できます：
orders <- dbGetQuery(conn,"SELECT ShipName, Freight FROM Orders")
次のコマンドを使って、結果を［data viewer］ウィンドウで見ることができます。
View(orders)
MySQL データ をプロット
CRAN レポジトリで利用可能なあらゆるデータ初期化パッケージを使ってMySQL を分析する準備が整いました。ビルトインバーのplot 関数を使って簡単なバーを作成できます。
par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2)) barplot(orders$Freight, main="MySQL Orders", names.arg = orders$ShipName, horiz=TRUE)
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